-锁定
在InnoDB中，使用行级锁定来处理并发问题。虽然这提供了更好的并发控制，但它也会在进行查询时产生一些开销。当查询启动时，InnoDB需要获取一个共享锁，这可能会影响查询的性能。在MySQL中，表级锁定更常见，这对于某些特定的查询可能更有效率。
-缓存
MySQL有一些常用缓存工具，如缓存查询结果、表数据和查询缓存等。这些缓存工具可以帮助MySQL更快地执行查询，并优化服务器的性能。虽然InnoDB也有类似的缓存机制，但MySQL通常比InnoDB更好地执行它们。
-优化器
MySQL的查询优化器更加成熟，可以更好地优化查询以实现更好的性能。InnoDB的优化器是相对较新的，并且可能不如MySQL那么成熟。
虽然InnoDB是一个非常流行的存储引擎，但并不总是最好的选择。在特定的情况下，MySQL可能会比InnoDB更好地执行查询。在选择存储引擎时，需要考虑所有的因素，并对它们进行详细的研究。