资源文件不知道你具体指的是哪一种，一般来说配置文件和前端文件都叫做资源文件，这样Java是有一套大家熟悉的套路的，就是下面这个结构：
图片，html，css，js这些文件基本都是往webapp里面放，习惯上还是叫webapp目录的比较多，配置文件才放置在resources目录中，打包的时候直接指定即可。这个是大家比较统一的玩法，其实这个本身没标准，只要打包的时候指定你自己的路径即可。但是那样的话，会比较个性化，其他人阅读和查找上不是很直观而已。
有句话大意是说软件应该是符合一定的规范，而不是通过什么操作确保大家获得一个确定的结果。规范大于配置，约定大于配置。