一、运行环境的不同
H5的运行环境是浏览器，包括webview，而微信小程序的运行环境并非完整的浏览器，因为小程序的开发过程中只用到一部分H5技术。
小程序的运行环境是微信开发团队基于浏览器内核完全重构的一个内置解析器，针对性做了优化，配合自己定义的开发语言标准，提升了小程序的性能。
二、开发成本的不同
开发一个微信小程序，由于微信团队提供了开发者工具，并且规范了开发标准，则简单得多。前端常见的HTML、CSS变成了微信自定义的WXML、WXSS，WXML，官方文档中都有明确的使用介绍，开发者按照说明专注写程序就可以了。
需要调用后端接口时，调用发起请求API；需要上传下载时，调用上传下载API；需要数据缓存时，调用本地存储API；引入地图、使用罗盘、调用支付、调用扫码等等功能都可以直接使用；UI库方面，框架带有自家weui库加成。
并且在使用这些API时，不用考虑浏览器兼容性，不用担心出现BUG，显而易见微信小程序的开发成本相对低很多
三、获取系统级权限的不同
微信小程序相对于H5能获得更多的系统权限，比如网络通信状态、数据缓存能力等，这些系统级权限都可以和微信小程序无缝衔接。
而这一点恰巧是H5 被诟病的地方，这也是H5的大多应用场景被定位在业务逻辑简单、功能单一的原因。
四、页面体验不同
H5网页需要在浏览器中渲染，会给人明显的「卡顿」感觉，面对复杂的业务逻辑或者丰富的页面交互时尤为明显。
而微信小程序，它的代码直接在微信上运行，省去了通过浏览器渲染的步骤，因此，在微信中使用小程序，才会比H5流畅很多。
除了首次打开需要几秒的加载时间外，小程序各个页面的切换、跳转等体验已经媲美原生App，有着同样的柔丝般顺滑的效果。