笨一点的办法：将txt打开，逐个复制粘贴到同一个Word文档中，每次粘贴前插入文件名并设置一下标题级别，完成后，在Word文档首页生成目录，保存，用Calibre将Word文档转换为mobi即可。
txt多的话，可以用BAT脚本实现:
以上是将D:\test\目录下的所有txt（不支持子目录，懒得改了）转化为D:\ebook.html，然后用Calibre将ebool.html转化成mobi即可，注意转换时设置内容目录中的一级目录为//h:h1，这样转换出来的书就有目录了。
PS:好像有个叫epubmerge的Calibre插件也能实现合并，可以试试。
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