碳14类仪器是通过比较扣减仪器本底后的样本测量值和预先设定的阈值的大小来判定阴阳性结果的，大于等于阳性阈值为阳性、小于等于阴性阈值为阴性。碳13类仪器判定方法类似，只是扣减的不是仪器本底而是同一患者的底气测量值。
对碳14仪器来说，由于环境辐射、电网干扰、仪器误差等因素的影响，本底值是时刻变化的，而实际测量中扣减的本底值是预先设定的一个平均值。阴性样本的测量值就是本底，但和预先设定的应扣减本底会有差异，当测量值小于应扣减本底时，报告结果就是负值。
对碳13仪器来说，道理也是类似的。由于存在测量误差的影响，对阴性患者来说，样气测值可能小于底气测值，经计算后得到的报告结果就会出现负值。另外，碳13测量中样气袋和底气袋插入位置有要求，不能插反，否则阳性患者的结果会显示较大的负值。
为方便临床使用，避免患者不理解造成不必要的麻烦，有些仪器通过软件将负值归零，这对临床检测没有影响。仪器没有设置归零功能，报告结果出现负值也是正常的。对碳13类仪器来说，允许负值出现有一定的好处，可以提醒操作者检查有没有集气袋插错位置的问题。