1.定位的不同
小程序主要用来面向产品和服务，而公众号则是用来销售和传递信息小程序在功能上和公众号有本质的区别，小程序不支持关注，没有粉丝体系，消息推送等营销手段这个区别一方面使得产品和服务不会淹没在公众号销售信息中，另一方面也支持公众号、小程序、朋友圈、微信群之 间的互动和九六，使得开发者可以专心于产品的制作和服务，替微信带来一个完整服务的生态圈。
2.实现技术的不同
小程序是基于WEB规范，采用HTMLCSSJS等技术大家的一套框架，公众号则是基于H5开发小程序是依附于微信app内的云端应用，不需要安装，不是原生的应用程序，通过web Socket双向通信、本地缓存和微信底层技术优化达到近乎原生应用程序的体验，公众号则是基于传统的H5开发运行的，开发的过程中会用到H5的相关技能，当大家进行公众号的开发之后，用户的请求就不再是由威胁你的服务器去处理了，而是由大家自己的服务器去处理，然后把处理结果传递给服务器，服务器再将消息返回给大家的用户。
3.体验上的不同
小程序的体验就类似于手机上安装的App，而公众号的操作延时会比较大。小程序的运行环境就是微信基于浏览器内核重新构造的一个内置解析器，针对小程序做了专门的优化，并且小程序对UI和图片会进行一个本地缓存，只需要对服务器请求数据，页面切换不需要刷新，所以用户体验就会接近原生App的流畅程度。相反的公众号关于业务逻辑复杂交互请求高的应用使用起来体验就比较差，点击相关的应用功能后顶部会出现加载进度须等一段时间