题主举的例子不大准确：
o的发音是哦不是奥，它们是不同的元音。
ong的发音确实是哦恩，在轰当中也是，连在一起略微读快点，就能体会正确的发音。
瓮的韵母是eng，有些地区方言eng ong不分，只会发ong这一种音，有个著名的绕口令专门练习区分的：
火凤凰，红凤凰，火红凤凰飞
粉凤凰，红凤凰，粉红凤凰飞
偶老公家乡话eng ong不分，h f不分，每次他读这个绕口令都把大家乐得不行。
不过，偶觉得拼音别扭的地方也有不少。不能说重大缺陷，但确实有不能自洽的地方。
比如破，直接用p和o拼不出这个字的读音，破字里的韵母o（哦）带了点w的发音，如果用p和wo(偶)相切自然多了。
再比如双韵母ui，偶女儿初学的时候总写成uei，偶觉得孩子对读音的捕捉是没有问题的，书写规则需要硬记。
还有一些介母和轻声的使用也是比较生硬的，不好掌握。在进行信息化输入时，拼音的书写也是一个难题。
学习德语的时候，就觉得他们学发音实在太轻松了，基本上所见即所得，看到哪个字母或字母组合，读对应的发音就行，不需要去记忆复杂的读音规则。好多文章偶其实看不大懂，但是读起来还像那么回事。
究其原因，德语本来就是拼音文字，读和写的规律是一致的，德国人也比较严谨，没有太多特殊发音。听说俄语也是如此。
而汉语的书写和读音，可以说是两个系统，拼音是为了学习使用方便专门设计的，所以存在一些发音不好纳入规则的情况，有牵强的感觉。
但是总体而言，拼音还是非常了不起的发明，有了它，学习一个生字，真的方便很多。
汉字的优美和丰富，是独一无二的。在漫长的历史中和辽阔的幅员上，能把文字传播保存得这么好，全世界也仅有汉语了。现在中国稍有文化的人，还能毫无障碍地欣赏千年前的诗词作品，不得不说是一个文化奇迹。
字体字形或许比较好追根溯源，可是读音却演变得很快，在不同地区也大相径庭。以前用切音法记录，很容易因为记录者发音不同就弄错了。有了拼音，发音的规范就成为可能，学习起来也没有那么困难。
拼音和简体字，都是为中国孩子造福的，偶个人非常支持，也希望这个注音体系能随着汉语研究的进展更加完善。