首先恭喜题主哈，这两份工作都不错，如果要考虑以后前景的话，偶个人比较推荐后者。
因为偶第一份工作就是在华为做嵌入式，后来转向到了网络通信的部门，对二者都有一定的了解。所以先点评一下两个工作：
Linux嵌入式与协议栈linux驱动：关于嵌入式，这是一个很成熟的技术了，就业路子广，要求比较低，待遇也处于中上水平，但想要成为给一个优秀的嵌入式工程不光要把C语言学的十分扎实，还要熟悉掌握操作系统原理，Shell等脚本语言，对于底层协议和硬件也要有一定的理解。linux驱动工程师的年薪多在10-15w之间；
协议栈：网络安全从过去到现在一直都是个非常热门的岗位，要求同样也不低，例如深信服，启明星辰等在招聘网络安全相关岗的时候，很多都是博士起步。协议栈这东西很复杂，而且很抽象，大量的数学运算也让人头秃，想要搞懂已有的都不是件容易事，如果是自研协议栈就更难了。而且这个行业对英语要求非常高，最起码得有PEST4的水平才能看懂各式各样的外文文档。当然了这个行业的待遇也很高，通信协议栈工程师的年薪多在20w—40w。
从就业和短期方向来看，嵌入式好一些；从个人长期发展来看，通信协议栈更适合；如果题主是目前急需一份工作，嵌入式会是个更好的选择。偶接触过不少人都是先做三五年的技术，积累经验然后自己开家小公司，过的都很不错；如果不存在生活上的压力，并想钻研深层次的一些东西，可以选择通信协议栈。别的不说，光是在英语上的提升就不可估量。一个专家级别的网络通信协议栈工程师的待遇相当之高，有兴趣的朋友可以搜一下。
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