首先谢谢老铁的邀请！
防空导弹系统作为现今地面防空系统的主力，已经发展成各国的防空反导的标配了，但是正如题主所说，目前防空导弹系统的命中率确实做不到100%；
偶国早期某型红外制导的防空导弹系统的命中率甚至还不到9%，而近年来尽管随着精确制导技术的发展，防空导弹系统的命中率虽然有了大幅提高，但实际命中率还是不高，半主动雷达制导+主动碰撞杀伤战斗部拦截弹（比如爱国者PAC-3）的命中率一般也就是70%-80%之间，而采用半主动制导+破片杀伤战斗部的拦截弹（比如毛子的S300的48H6E3）命中率可能还不到50%。
所以这也是为什么全世界各国在进行防空拦截测试的时候，多采用双发齐射的原因，就是为了确保命中率。
那么既然如此，那些没有命中目标的防空反导拦截弹去哪了呢？
其实很简单都自毁了，现在普遍的反导拦截弹，甚至洲际弹道导弹都有自己的自毁装置；图注：导弹安全自毁装置组成，主要由安全控制系统、各敏感探测系统、保险引爆装置和爆炸装置组成。
目前导弹自毁装置根据技术与结构、作用原理的不同，一般分为机械自毁技术和电子自毁技术两种，而根据技术发展与时间的关系又可以划分为四代。图注：导弹各自毁系统分代间的区别。
其中第一代自毁技术主要是机械自毁技术，一般采用钟表定时自毁，在上世纪60年代早期普遍使用。
而第二代自毁技术，一般采用分立电子元件自毁技术，主要应用在上世纪80年代早期，可以看作是第一代机械自毁向第三代电子自毁技术的过度。
第三代自毁技术则在第二代的基础上，采用大容量充放电的方式来完成自毁时间要求，并用专用IC继承电路来完成自毁技术要求，虽然相比第二代自毁技术有了大幅进步，但是这种自毁装置体积还是相对较大，同时响应时间也较长，可靠性也相对较低。
而如今的第四代自毁技术则开始普遍采用“微功片单片机（微处理器）”自毁技术，与第三代专用IC集成电路具有很大差别；
第三代专用IC集成电路需要构思自己的结构，精确设计多种逻辑序列，以达到所需元件数目最少的要求，而对于第四代单片机技术来说，由于内部结构已经存在，所以只需写入一定的程序，就可以让自毁装置以最有效的使用内部结构达到自毁任务需求。
所以第四代单片机在体积与重量上都相对第三代专用IC继承电路有巨大优势，目前已经成为各国先进防空反导系统拦截弹的主要自毁技术，比如国内某型地空反导拦截弹，爱国者PAC-3均采用这一自毁技术。图注：当前技术最先进的防空拦截弹“爱国者PAC-3”
而当防空反导拦截弹自毁装置失效的时候，也不用担心，一般防空反导系统在进行测试的时候都会划出一定的“危险区”，以防止拦截弹在没有命中目标，同时自毁装置又失效的时候，对其他非军事目标进行误伤。
而反导拦截弹“危险区”的划定非常复杂，不同体制、射程的拦截弹危险区都不一样，甚至拦截弹没有命中目标的原因不同危险区也不同，（比如拦截弹导引头丢失目标与拦截弹弹道偏离的危险区就非常不同）不能一概而论，所以这里就不细讲了。
但是，无论是导弹的自毁装置还是拦截弹的“危险区”划定，都仅是作为一种“备用”手段来预防“误伤”，不能100%确保非军事目标的绝对安全。
可武器装备的应用本身也一向如此，没有“误伤”的情况基本不可能，所以一旦真的有防空反导拦截弹丢失目标，而误伤平民的话，大家也不要过于震惊。
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