如何从转录组数据找到生物某一性状的生物学意义,或者说从中分析出一些优选基因对于转录组数据分析，偶还是比较了解的。转录组数据反映的是某个组织中的所有基因的表达丰度及表达变化情况。接下来偶就讲讲如何做转录组来找生物学意义和候选优良基因。
首先是生物学意义。一般做转录组测序之前，大家都会先弄清楚实验目的，然后取相应的实验样品对提取RNA进行转录组分析。这个实验目的里面包含了一部分生物学意义，那就是你想回答的生物学问题。比如做植物抗冷性分析，你肯定是要设计实验来找到抗冷相关基因。最直接和常见的思路就是去准备对照组和冷处理组的植物样品，至于取什么植物组织看个人的需求。然后去提RNA进行测序。这个实验的生物学意义首先就是找出植物抗冷分子机制，为创建抗冷植物材料奠定理论基础。接着大家会对转录组数据进行分析，从分析中大家一般可以找到抗冷共同的一些变化，别人文章数据已经报道，那就没什么新颖的了，不过大家往往通过仔细查找分析可以找到一些植物物种特有的东西。这个特有的东西为什么在其他物种中没有，这里面的差异的寻找就是另外的生物学意义。这只是简单的实验，还有更复杂的实验设计和更复杂的生物学意义，比如涉及到基因表达的时空性。
然后是候选优良基因的查找。这个是转录组数据分析必须要干的事情，也是大家最想得到的。一般情况下，大家会关注那些跟对照组比较差异最显著的基因，不管是上调表达的还是下调表达的，都应该是大家关注的重点。后期的基因功能验证也会优先选择这些基因。然后是找某一类基因的变化趋势，比如你发现某个激素路径的所有基因都朝一个方向变化，那么说明这个激素路径跟抗冷（举例）有着很大的关系。然后接下来大家就会拿这个激素去做外源处理，看看处理后的植物是不是更抗冷还是更不抗冷。还有一种就是直接找在某个组织中表达丰度非常高的基因。因为正常条件下，基因表达量越高，说明他的作用也会比较大，所以也会将它们作为候选基因去研究。
也许偶上面的描述非专业人士可能看不太懂，不过既然题主问了这个问题，说明题主应该有一定的相关知识背景。希望偶的解答能给题主带来帮助。