comcat部署java项目与所使用的数据库是否有关姑且认为你要问的是Tomcat吧.
是否跟数据库相关主要看怎么设计系统。
如果应用服务器支持Datasource，那么可以定义datasource,然后在程序中lookup.这样的好处是可以用应用服务器来管理数据库连接池。
如果不支持，或者你不喜欢应用服务器来管理数据库链接，那么可以用MyBatis或Hibernate之类的框架来管理，这样可以用配置文件来管理数据库连接以及连接池。
简而言之，Tomcat是应用服务器，用来提供web应用服务的。如果它支持数据库连接配置，你可以用它来定义datasource,如果不支持或者你不想用它来管理数据库连接，你就可以选择其他的框架。从概念上来说，这两者不是耦合在一起的。